Viện Dân tộc học tiền thân là Tổ Dân tộc học trực thuộc Ủy ban Khoa học Xã hội Việt Nam (nay là Viện Khoa học Xã hội Việt Nam).
Được thành lập theo Nghị định 59/CP ngày 14 tháng 5 năm 1968 của Hội đồng Chính phủ; và được khẳng định lại tại Nghị định số 26/2004/NĐ-CP ngày 15 tháng 1 năm 2004 về Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Viện Khoa học xã hội Việt Nam; và Nghị định số 53/2008/NĐ-CP ngày 22 tháng 4 năm 2008 của Chính phủ về Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Viện Khoa học xã hội Việt Nam.
